1948年（昭和23年）、芦田内閣の下で設立された。これは第二次世界大戦後、それまで日本周辺海域における法秩序の維持にあたってきた日本海軍が掃海部隊を除いて解体され、日本の海上における救難・治安の維持および海上交通を担当する世界初の海上警察・救難総合機関として、運輸省（現国土交通省）外局に設立されたものである。
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1952年（昭和27年）には第3次吉田内閣の下、より軍事組織に近い海上警備隊が海上保安庁附属機関として組織されたが、これはまもなく警備隊として分離され、後の海上自衛隊となった。保安庁創設に際して、治安組織の一元化の見地から、海上保安庁も海上公安局に改組されて、保安庁の下に置かれることになっていた（保安庁法及び海上公安局法）。ところが、海上保安庁側の猛反発により結局、保安庁法の海上公安局に関する規定及び海上公安局法は施行されないまま、それに代わる自衛隊法の制定によって廃止となる。そのため、海上保安庁は改組を免れてそのまま存続することとなった。
1948年（昭和23年）5月1日 - 海上保安庁発足。
1950年（昭和25年） - 特別掃海隊が朝鮮半島へ出動。10月17日に、そのうちの1隻が元山沖で機雷に接触して沈没、乗員1名が殉職し、2名が重体、5名が重傷、11名が軽傷を負った。